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　　1901年，应南洋公学创始人盛宣怀力邀，蔡元培出任特班总教习，开启新式教育改革的重要尝试。特班以培养“中西贯通的新政人才”为目标，蔡元培在此推行系列改革：课程设计与学习方法上，为学生拟订涵盖哲学、政治、外交等二三十门学科的书单，鼓励自主选课与独立思考；读书札记与个别辅导上，要求学生每日撰写读书札记，并亲自批阅，每晚邀请学生围绕札记探讨交流；外语教学创新上，分享“不习日语而强读日本书”之法，指导学生掌握日文阅读能力，部分学生还能着手译书；演说与表达能力培养上，倡导成立演说会，拟定题目让学生分组定期演讲、辩论，训练学生的语言表达与公众动员能力。

　　教育的核心不仅是授业，更在传道。1902 年末，一场由墨水瓶引发的风波席卷南洋公学。进步学生因反抗守旧势力的思想禁锢，遭到校方不公对待，史称 “墨水瓶事件”。最终，百余名有志青年毅然退学，而始终站在学生一边的蔡元培，亦为坚守教育理想，愤然辞去总教习之职，并协助创办爱国学社使退学学生继续接受教育。他所倡导的自由民主思想，早已在南洋公学的土壤中生根发芽。从特班走出的李叔同、黄炎培、邵力子、谢无量等才俊，皆在追求民主与进步的时代洪流中，成长为各界栋梁之才。

　　1928年2月，已是国民政府大学院院长的蔡元培出任交通部第一交通大学校长，虽然任期较短，但其推行的多项制度变革对交大发展影响深远：治理结构改革上，推行“教授治校”，提升学术群体在校务决策中的地位；学科体系重构上，将旧式“科门”改为现代“学系”制，设立数学、物理、化学、中国文学、外国文学等系，奠定交大“理工管并重”的学科格局；管理制度规范化上，对教学、学生管理、财务等制度进行系统整顿，推动学校向现代大学治理模式转型。